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这种教学法虽然在培养学生能力（尤其是独立获取知识的能力）方面有许多优越之处，但是在实际应用中存在着具体困难，因此有许多专题的指导还很难采用这种方法进行。
一、难以保证教学进度
这种教学法主要是让学生在教师引导下独立获取知识，因为学生的活动较多，所以这种教学法花的时间比常规教学法要多。如果都用此法指导，那么，教学进度往往不能按时完成，这就产生了完成教学任务与培养学生能力的矛盾。
二、难以保证教学条件
使用这种教学法通常需要比较完善的教学设备与场所，甚至必须具备实验动植物的供应单位，因为这些实验材料仅仅靠教师去准备显然是不够的。但是，这样的条件目前也很难具备。
三、难以保证大班教学效果
这种教学法比较适合于小班上课（每班大约10～20人）。这样，教师就容易照顾到每一位学生以加强教学效果，但目前的条件也不允许。
四、难以保证教学时间的灵活性
这种教法还要求课程表有高度的灵活性，要根据教学的实际需要来安排或调整。因为用此教法所需的教学时间有时是传统教学法的数倍，而我们今天的课程表基本上是固定的，要做如此灵活的变动是很困难的。
五、要正视困难，坚持探索
目前要普及和推广研究性学习的各种指导方法是比较困难的。但是，对它进行研究和实践仍然有着重要的意义。因为这些指导方法符合学生的认识规律，能充分调动学生的积极性、激发兴趣，有助于达到教学中培养学生实际能力的目的。只要我们真正把培养学生的能力放在重要的地位，随着教学条件的不断改善和新编各种教材的使用，这种指导方法在教学中的比例必将逐步增大，并在造就有作为的学生方面发挥更大的作用。因此，我们一方面要正视困难，一方面要坚持探索。
研究性学习和研究型课程是推进素质教育过程中的一种创造，对此还需要进一步思考和研究，如关于研究型课程概念的科学性，研究型课程的德育功能、与社会实践、社区服务、劳动技术教育及经济建设如何相结合；评价方法、现代化手段的运用，等等。这一切还需要我们进一步去探索、实践和完善。但我相信在积极的探索中，一种适应素质教育的研究性学习指导模式和崭新的课程理念，必定会成熟和建立起来。
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